Unter Linux empfehle ich Dir das Programm Rsync.
Hier ein Artikel von Ubuntuusers, welcher dieses umfangreiche Tool erklärt:

http://wiki.ubuntuusers.de/rsync

Der Vorteil von Rsync liegt dabei in der Flexibilität, vor allem bei der Datensicherung übers Netzwerk und großer Datenmengen, die nur inkrementell kopiert werden. Es wird also nicht blinblinks alles kopiert, sondern nur die Daten, die sich auch verändert haben. Das spart Speicherplatz und das Backup geht auch sehr viel schneller von statten, als eine 1:1 Kopie der ganzen Festplatte.

Bei Ubuntuusers gibt es auch ein fertiges Shellscript (verwendet intern rsync), welches für komplette Datensicherungen verwendet werden kann und bei mir wertvolle Dienste verrichtet.

http://wiki.ubuntuusers.de/Skripte/Backup_mit_RSYNC

Solltest Du lieber eine richtige Benutzeroberfläche bevorzugen, empfehle ich Dir eines der folgenden Programme.

http://www.opbyte.it/grsync/ (Frontend von Rsync)
http://software-solutions-juergens.com/linux-ubuntu/partitionen-sichern-mit-partimage/ (1:1 Festplattenkopien erstellen)
http://wiki.ubuntuusers.de/sbackup (ähnlich Grsync)

Viel Erfolg!